同济大学在我们印象中是位于上海的一所高水平大学，但是“同济医学院”却是远在武汉的华中科技大学专用名称，与此同时同济大学的医学院只能叫“同济大学医学院”。问其缘由，这其中还涉及到一所著名的医科大学历史沿革以及两所高校的一场持续十年的恩怨。
同济大学历史悠久、声誉卓著，是中国最早的国立大学之一，是教育部直属并与上海市共建的全国重点大学，起源为同济德文医学堂，在建校之初便用“同济”来冠名自己的医学院。建国前同济大学作为仅有的两所理、工、医、文、法齐全的综合大学，同济大学排名超越国立清华大学（现清华大学）和国立交通大学（现上海交通大学、西安交通大学等前身），可谓春风得意。在始于年的全国院系调整中，同济大学原有的文、法、医、理、机械、电机、造船、测绘等优势学科或支援其它高校，或整体搬迁内地，其医学院搬到了武汉和与武汉大学医学院合并逐渐发展成同济医科大学，历史脉络清晰按理说在后面九十年代开启的高校大合并浪潮中应回归同济大学，但是没想到竟然“改嫁”原四大工学院之首——华中理工大学（现华中科技大学）化为其二级学院，从此一场关于“同济”商标到底是哪个的名片，这两所高校展开了一场旷日持久的激烈碰撞。
华中理工大学起源于四大工学院之首华中工学院，年，以华中理工大学为主体，武汉城市建设学院并入组建成华中科技大学，翌年成功进入高校行列号令中部所有理工类高校，风头正劲。相反，没有医学院的同济大学在上海交通大学、复旦大学等同城高校夹击下倍感失落，经过不懈努力成功合并了上海铁道大学，在原上海铁道大学医学院的基础上恢复设立了“同济大学医学院”，值得一提的是同济大学的医学院并没有像是华西、湘雅一样保留自己原名一样改为“同济大学同济医学院”或许是为了避免和华中科技大学直接碰撞，但是值得确定的是两校梁子从此结下。
年，同济大学向商标局提出“同济”的商标注册申请，其中包括“学校”和“医院”类别，但是因为华中科技大学早已经注册过了，两项被驳回，连校名都保不住了？同济大学在忍无可忍之下向国家工商行政管理局提出争议申请，但是很快被驳回。申诉无果之后同济大学无奈只好把同宗同源的同济医学院告上法庭，但是北京中院认为“虽能证明同济大学的校名“同济”具有很高知名度，但争议商标的原注册人同济医科大学与同济大学在历史上具有一定关联关系，即使同济医科大学自迁汉后改名为武汉医学院并与同济大学相脱离，但其在1年经过卫生部批准已再行启用“同济”作为其校名。”所以法院做出“驳回上诉，维持原判”的决定。同济大学惊呆了，直接上诉到北京市高级人民法院，年，北京市高级人民法院对此前两案作出“驳回上诉，维持原判”的终审判决。(详见京市高级人民法院〔〕高行终字第号行政判决书)。
当时，同济大学学生纷纷表示表示不可理喻要找华中科技大学讨要个说法。另一面华中科技大学学生则认为同济大学胡搅蛮缠，国家都认可了还争个什么呢，誓要捍卫自己学校的尊严。在此氛围之下，两校已经似如水火一般，各自都有一肚子气，这时候两校突然达成了某种共识愿意放下争议维持现状，转变如此之快是因为管理机构进场调停还是两校念及缘分，原因为何尚不得给我们留下无限遐想。
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