上世纪90年代开始，国家推行高校体制改革，要求除了国防、军工等重点行业以外，国家各个部委（除教育部外）均不得管辖高校，一般来说，原部属高校只有3条路可选。
第一，划转至教育部，这一条可以保留部属地位，最为理想，但是对学校实力、学位点、办学规模都有很高的要求，卫生部的高校由于规模普遍偏小，无一划转成功；第二，划转至地方（省、市、区）管理，成为省属高校；第三，与教育部直属高校合并，弱化甚至没有了“招牌”，但是保住了部属地位。
面对轰轰烈烈的高校体制改革，原卫生部直属的11所高校该作何选择呢？下面我们一一来看。
第一所：北京医科大学，北医大是首批拿到卫生部名额，进入的高校，她选择强强联合，并入北京大学，成为北京大学医学部。第二所：上海医科大学，拿到卫生部名额，于年第二批进入工程，后并入复旦大学。
第三所：华西医科大学，与上海医大同时拿到卫生部名额，进入，并入四川大学。第四所：中山医科大学，年10月选择并入中山大学，原本两校就是在年院系调整中拆分而成，再次合并也算是“姻缘再续”。
第五所：同济医科大学，与华中理工大学、武汉城市建设学院合并为华中科技大学。同济医大源于上海，年迁至武汉，与武大医学院合并后几经易名，年定名为同济医科大学；据说当年同济医大首先想与武大合并，但是因为合并后想让武大更名且自己保留“某某大学同济医学院”的称号，武大并未答应，最终选择华中理工大学。
第六所：湖南医科大学，年4月，与中南工业大学、长沙铁道学院合并为中南大学，现为中南大学湘雅医学院。当年湖医的首选是湖南大学，据说遭到了湖大时任主要领导的反对没有成形，这也成了千年湖大挥之不去的遗憾。第七所：白求恩医科大学，年6月并入吉林大学。第八所：山东医科大学，年7月并入山东大学。第九所：西安医科大学，年4月并入西安交通大学。
余下的2所选择了不同的路。第十所：中国协和医科大学，作为我国医学类高校一面旗帜的协和医大拥有着超然的地位，她并未划入教育部，也未划入地方，同样没有并入任何高校，只是同清华大学开展了几年的“合作办学”，学校一直拥有独立法人资格。目前是卫健委唯一直属高校（已更名北京协和医学院）。
第十一所：中国医科大学，学校位于沈阳市，据说当年也有与东北大学合并的意愿，但是并未成功，因此自卫生部划转至辽宁省，目前是辽宁省属高校，虽说是省属但是保住了“中国医科大学”这块金字招牌。
写在最后
20多年以后，看看当年11所医学院如今的办学实力，回过头再重新审视一下她们当年的抉择正确与否，相信每一位看官心中都有一杆秤。